兒童期肥胖會引起的問題主要是以下幾個方面：
1、肺通氣不良綜合徵，由於嚴重的肥胖導致肺通氣功能降低、呼吸淺表，表現為乏力、氣促、活動後氣短、睡覺時候打鼾的症狀。
2、糖耐量降低，和2型糖尿病有直接的關係，是胰島素抵抗和高胰島素血癥造成的。
3、血脂紊亂，肥胖兒童經常發生脂代謝紊亂，表現為不同的血清總膽固醇、甘油三酯、低密度脂蛋白水平增高或高密度脂蛋白水平降低。有40%-50的肥胖兒童有脂肪肝，可以導致成人期肝硬化、肝纖維化，8%-33%的肥胖兒童發生膽結石症狀。
4、心血管疾病，部分肥胖兒童中有輕中度的高血壓，佔10%-30%，多數有高血壓的家族史，青少年肥胖致心絞痛在我國已見報道。
5、由於肥胖引起的雙下肢長期過度負重，臨床有膝關節疼、胯關節疼痛、關節活動受限、雙下肢關節變形，如膝外翻、膝內翻，還有部分有股骨頭無菌性壞死、小腿弓形或腓骨屈曲等，西藥骨科矯形手術常發生在較小年齡的肥胖的兒童。
6、心理疾病，主要由於肥胖造成外形形象較差，活動或體育運動不靈活，會造成自卑感，做事缺乏自信和競爭力。