小兒生長激素缺乏症，主要的病因包括以下幾個方面：首先是原發性的生長激素缺乏，見於一些遺傳性的疾病，比如腦結構異常，顏面中線發育異常，基因的缺陷，下丘腦垂體發育不良，下丘腦垂體功能障礙等等，這些都可以導致生長激素缺乏。其次繼發性生長激素缺乏症，可以見於下丘腦的腫瘤，損傷顱內的感染，浸潤性的病變，暫時性的垂體功能減退，或者是環境精神和心理的創傷。