應用左旋肉鹼有可能會引發不良反應，肝腎功能較弱的人服用左旋肉鹼往往會出現不良反應，過多服用左旋可能出現腹瀉的情況。左旋肉鹼燃燒脂肪，提供能量也同樣會使人興奮，所以服用左旋肉鹼往往可能導致失眠，影響睡眠質量。如果長期服用左旋肉鹼，高消耗低攝入會造成營養不良，而使身體機能下降。左旋肉鹼有可能會對肌肉產生危害，造成肌肉無力、肌肉萎縮等情況。