細菌性痢疾的併發症比較少見，通常包括痢疾桿菌菌血症、溶血性尿毒症綜合徵、反應性關節炎、賴特（Reiter）綜合症、血栓性血小板減少性紫癜等，其他疾病並不包括在內。痢疾桿菌菌血症多數由A群菌引起，常見於一歲以下兒童，主要表現為持續高熱、腹痛、腹瀉、排水樣帶粘液便或血便、或粘液血便，患兒可有脫水等現象。溶血性尿毒症綜合徵主要表現是，在急性菌痢病程中，有急性溶血性貧血，少尿、甚至無尿、尿素氮等急驟升高、血小板減少等表現，此併發症病死率較高。