急性腎盂腎炎複發率不足10%。復發的急性腎盂腎炎往往是複雜性腎盂腎炎，身體存在誘發因素和易感因素，如患有泌尿繫結石和前列腺增生導致的尿路的梗阻，先天性膀胱輸尿管反流，全身慢性病造成身體抵抗力低下，神經源性膀胱，妊娠和醫源性的導尿和留置導尿，以及多囊腎，腎盂和輸尿管畸形引起泌尿系統的結構異常等。復發是指經過治療後症狀消失，尿檢轉陰後的6周內再次出現同一種細菌感染導致菌尿出現。