寶寶長期便秘會導致以下不良後果，便秘會引起寶寶出現腹脹、腹部不適，所以會影響到孩子的進食，出現了食慾下降，從而影響孩子的營養，對生長發育也會造成影響，容易導致營養不良性貧血。
長期便秘，由於排便困難很容易會形成痔瘡和肛裂，有的時候還會出現便中帶血，這樣會導致孩子排便的時候，會出現肛周疼痛的情況。由於便秘排便的時候，會引起肛周疼痛，所以孩子會對排便行為非常排斥，從而加重便秘的情況，形成惡性循環，使得孩子對排便有種恐懼的心理。