白塞氏病包括全身治療主要是可以應用非甾體類抗炎藥，緩解皮膚的結節性紅斑，生殖器潰瘍，發熱關節症狀。秋水仙鹼可以減輕粘膜眼部病變以及發作的頻率。沙利度胺可以用於治療嚴重的口腔生殖器潰瘍。糖皮質激素可以緩解本病的全部症狀，對於口腔潰瘍者可以局部使用。對於有內臟器官損害的患者，可以加用免疫抑制劑進行治療。如果同時合併有腸穿孔等情況，可以考慮手術治療。