判斷嬰兒是否有腸炎，需要結合孩子的病史、症狀、體徵，以及輔助檢查來綜合判斷。在病史上如果孩子在秋冬季節，可能有受涼或者手衛生不好問題，在夏秋季節孩子可能會有外出，或者不潔飲食史，可能會導致患腸炎。在秋冬季節容易得病毒感染性腸炎，而在夏秋季節如果吃的不乾淨，容易得細菌感染性腸炎。
另外在症狀上來說，腸炎的孩子會有腹瀉，有些還會伴有嘔吐、發熱等問題，孩子往往會有大便次數的增多，以及性狀的明顯改變。孩子可能會有蛋花湯樣大便，或者黏液膿血樣大便，都提示可能會有腸炎的問題。另外就需要結合孩子的表現，包括有沒有水電解質平衡紊亂的問題，來判斷腸炎是不是比較輕，或者比較重。另外也可以結合孩子的大便常規，包括病原檢測，比如輪狀病毒的檢測等，來幫助確認腸炎的病原是什麼。