小兒急性胃腸炎要進行藥物治療，藥物治療的目的是合理的控制感染，小兒急性胃腸炎多數是病毒性的，或者是產毒性的細菌感染，一般不需要進行抗生素治療，如果出現大便帶膿血，才需要合理的使用抗生素治療。一般用抗生素治療，要在醫生的指導下進行。合理使用抗生素，大概病情在48小時後，會得到明顯的好轉，避免使用止瀉的藥物。一般在腹瀉期間，可以適當的補充鋅、鈣、鎂微量元素，可以適當的吃益生菌，改善腸道菌群紊亂的情況，比如雙歧桿菌或者乳酸桿菌，如果是腹瀉比較嚴重的情況下，可以應用止瀉藥物，比如蒙脫石散。
一般情況下，孩子得了急性胃腸炎，治療總原則是調整飲食，預防和糾正脫水，合理用藥預防和治療併發症。一般情況下出現急性胃腸炎，要注意飲食清淡。另外如果出現明顯的過敏性腹瀉，可以使用配方奶粉，選擇深度水解蛋白奶粉進行餵養。如果脫水不是很嚴重的情況下，可以給口服補液鹽進行補充液體，以防止出現脫水。如果是脫水比較嚴重的情況下，可以採取靜脈補液的方式，以糾正脫水的情況。