對於急性感染性的結腸炎，如果確定是細菌感染，氟哌酸這類喹諾酮類的抗生素在應用上一般不超過七天。如果超過七天仍然無效，則需要考慮特殊病原體，建議到醫院完善大便培養來確定病原體是什麼，再經過藥敏試驗來確認敏感的抗生素是什麼。對於病毒感染來說應用氟哌酸是無效的。因為氟哌酸是治療細菌的，不是治療病毒的。對於病毒感染目前沒有特效的藥物，主要是對症支持治療，給予補充水分、電解質，還有止吐、止瀉，以及緩解腹部痙攣性疼痛。病毒感染是有自限性的，一般1-2周可以自行的痊癒，不需要應用抗生素。