嗜酸細胞性胃腸炎患者的預後比較良好，治療主要有調整飲食、激素治療及其他藥物治療。但本病可能復發，且部分未經治療的患者容易發展為嚴重的營養不良和消化不良，即使是復發的患者仍然對激素治療有效。
對於已經證實是食物過敏所致的嗜酸細胞性胃炎患者，從飲食中去除任何形式的可疑過敏食物是重要的治療手段。飲食控制常用於有過敏史，特別是變應原檢測陽性者，通過皮膚斑貼試驗或放射變應原吸附試驗，明確變應原後可予相應的進食措施。對於無過敏史者可採取序貫法，逐個排除可能致敏的食物。在藥物治療方面，糖皮質激素是目前主要的治療藥物。