男性泌尿生殖系支原體感染可引起尿道炎、前列腺炎、腎盂腎炎以及陰莖包皮病變，其中尿道炎主要表現為尿頻、尿急、尿痛、尿道燒灼感及排尿困難、尿道分泌物增多、尿道外口紅腫、沿尿道的壓痛。如果感染向上蔓延可導致上尿路炎症，如腎小球腎炎、膀胱炎等。男性支原體感染還可以干擾精子的運動，導致精子畸形，破壞精子生成。不僅如此，支原體還繼續感染男性的精道、精囊和睪丸，從而影響精子和精液的質量，引起不孕不育。另外男性支原體感染還可以破壞性敏感神經，從而導致性功能障礙。男性支原體感染會導致男性的性功能下降，由於病原微生物對生殖器官和性神經反應末梢的損害，使得男性的性神經對有效刺激不敏感，男性的性器官長期處於不應激，性慾減弱、反應減弱，可能會導致陽痿。