支原體感染之後，可以引起上呼吸道感染和肺炎兩種疾病，支原體引起的呼吸道感染主要見於兒童和青少年，在成人當中也比較常見，一般支原體導致的上呼吸道感染症狀比較輕，多數以咳嗽為主要症狀，少部分患者伴有發熱，預後良好。
支原體引起的肺炎在兒童當中，部分患者可以出現嚴重的雙肺炎，同時伴有肺外的併發症而導致死亡，如腦膜炎、脊髓炎、心肌炎、心包炎、免疫性溶血性貧血和腎炎等。成人支原體肺炎症狀相對比較輕，主要是乏力、頭痛、肌痛、咽痛、咳嗽，咳嗽症狀特別明顯，多為發作性咳嗽，夜間特別重，持久的陣發性咳嗽是支原體肺炎，較為典型的症狀，一般伴有中等度發熱，也可以不發熱，可伴有鼻咽部和耳部的疼痛，很少引起肺部實變，整個病程當中，患者可以無任何陽性體徵。