鼠疫首選的治療藥物是鏈黴素，不同的鼠疫類型，用藥的劑量有所不同。鼠疫和敗血症型鼠疫，劑量要高於腺鼠疫，療程一般均為10-20天。皮膚鼠疫局部可以滴注鏈黴素、敷磺胺軟膏。
鼠疫也可以選用氨基糖苷類、喹諾酮類、第三代頭孢菌素、四環素等藥物，也都具有良好的療效。喹諾酮類可以選擇左氧氟沙星、環丙沙星，以及第三代頭孢菌素，如頭孢曲松、頭孢哌酮，氨基糖苷類可選擇硫酸依替米星、奈替米星等。