大多數淋巴結結核在早期及時進行規律治療後，預後良好，多數患者可徹底痊癒。但是晚期才去就診或者多發性淋巴結受累的患者預後較差，容易復發。抗結核化學治療是治療淋巴結結核的最主要措施，臨床上通常聯合應用數種抗結核藥物以起到更好的效果。
治療療程分為強化期和鞏固期兩個階段，強化期主要為殺菌階段，一般是在開始治療的前2-3個月，聯合應用4-5種抗結核藥物，短時間內殺滅大量繁殖活躍的敏感菌，減少耐藥菌的產生。鞏固期是在強化治療期後4-6個月，繼續消滅殘留的結核菌並減少和避免復發。如果經藥物治療沒有產生明顯效果，或形成竇道並反覆發作的患者，醫生可能會建議進行相應區域的淋巴結清掃術。