泌尿生殖系統血吸蟲病的病因明確，治療原則主要是抗血吸蟲治療，以藥物治療為主，如併發器質性疾病時，必要時採取手術治療的方式。治療週期主要是根據患者的具體病情及治療方案而定。
一、一般治療
高熱、中毒症狀嚴重者要給予補液、保證水和電解質平衡，加強營養及全身支持療法。合併其他寄生蟲者應先驅蟲治療，合併傷寒、尿路感染者均應先抗感染治療後，再使用吡喹酮治療。
二、藥物治療
1、吡喹酮：吡喹酮的毒性小、療效好、給藥方便、適應症廣，可用於各期各型血吸蟲病患者，是目前用於治療埃及血吸蟲病最有效的藥物，吡喹酮對血吸蟲各個發育階段均有不同程度的殺蟲效果。本品毒性較低，對心血管、神經、造血系統及肝腎功能無明顯影響。
2、頭孢哌酮舒巴坦：高熱、中毒症狀較重者，給予抗感染治療，常用的是頭孢哌酮舒巴坦，可用於治療上、下泌尿道感染，可用於治療尿道炎、盆腔炎、子宮內膜炎、淋病和其他生殖道感染，對青黴素、頭孢類抗生素過敏者禁用。
三、手術治療
手術治療主要針對埃及血吸蟲病泌尿生殖系的併發症，常見的如輸尿管擴張術、輸尿管膀胱吻合術、膀胱全切除術、結腸代膀胱術、經尿道行膀胱頸切開術等：
1、輸尿管擴張術：輸尿管壁段狹窄者可經膀胱鏡擴張或行輸尿管口切開，緩解尿路梗阻的併發症。
2、輸尿管膀胱吻合術：輸尿管膀胱吻合術適用於輸尿管發生損傷的患者，若輸尿管損傷的部位很低，不能施行輸尿管-輸尿管吻合術，則可將輸尿管與膀胱進行吻合，恢復其排尿通道。
3、膀胱全切除術：晚期泌尿生殖系統血吸蟲病患者可能會出現膀胱癌等嚴重的併發症，此時要根據腫瘤的部位、性質、分期等，採取合適的手術方法，進行早期切除。
4、結腸代膀胱術：結腸代膀胱術主要的適應症是需要進行膀胱全切除的患者，主要的手術步驟是截取腸管經抗生素溶液灌洗清潔後，用可吸收縫線關閉腸管兩斷端，切除或多處切斷結腸帶，形成盲結腸貯尿囊。
5、經尿道行膀胱頸切開術：經尿道行膀胱頸切開術主要是針對尿道狹窄或輸尿管梗阻的患者，可以起到改善症狀、預防併發症的效果。