由於湄公血吸蟲病的病因和發病機制已較明確，臨床上主要是病因治療和對症治療。臨床中主要遵循早期、及時、徹底、綜合治療原則，對患者進行疾病教育和藥物治療。
一、藥物治療
口服吡喹酮，吡喹酮的毒性小、療效好、給藥方便、適應症廣，可用於各期各型血吸蟲病患者，是目前用於治療湄公血吸蟲病最有效的藥物。
二、手術治療
該疾病一般無需手術治療。
三、其他治療
急性期湄公血吸蟲病嚴重者給予補液、保證水和電解質平衡，加強營養及全身支持療法。合併其他寄生蟲者應先驅蟲治療，合併傷寒、敗血癥、腦膜炎者均應先抗感染，後用吡喹酮治療。慢性和晚期患者除一般治療外，應及時治療併發症，改善體質，加強營養。肝脾腫大、上消化道出血等患者可選擇適當時機考慮手術治療。