殺死弓形蟲目前公認有效的藥物有乙胺嘧啶，磺胺嘧啶，螺旋黴素，克林黴素等。腦弓形蟲病常用療法為乙胺嘧啶，成人每日50mg，兒童1mg/kg，分2次服；加磺胺嘧啶成人每日4克，兒童150mg/kg，或者用複方磺胺甲惡唑成人2片，每日服2次，療程最短3個月，超過4個月或更長時間則療效更好。注意服藥有可能發生白細胞，血小板減少，貧血，溶血以及神經系統症狀等不良反應。對於孕婦先天性弓形蟲病患兒，雖無症狀也應該治療。免疫功能低下的弓形蟲隱性感染者，血清學實驗從(-)轉為(+)的孕婦的預防性治療均可採用乙胺嘧啶，也可用螺旋黴素，成人每日2-4克，兒童50-100mg/kg，或克林黴素每日600-900mg，三週為一療程，間隔一週再重複一療程。