類百日咳綜合徵跟百日咳的治療方法相同，主要使用大環內酯類抗生素。如果是3歲以下的孩子一般選用環酯紅黴素，大點的孩子用阿奇黴素，同時霧化支氣管擴張劑聯合吸入用激素，常用藥物包括特布他林，或者沙丁胺醇聯合布地奈德，或者丙酸倍氯米松，有痰的可選用氨溴素。如果嗜酸性粒細胞偏高，還需使用抗過敏藥，比如氯雷他定糖漿。