百日咳治療的時間與患者體質，治療時間早晚，病情嚴重程度，治療方案都有一定的關係。明確診斷後，儘早進行隔離治療，應用紅黴素或者阿奇黴素抗感染治療的同時，配合止咳化痰藥。必要的時候還需要通過使用糖皮質激素，用普魯卡因靜脈滴注減少窒息或驚厥，吸氧，補液等治療。積極的治療可以在一定程度上縮短病程，緩解病情，減輕症狀。