結石病根據結石部位、大小、症狀等，採取保守或手術治療。肝內膽管結石如無症狀可不治療，肝外膽管結石需內鏡下取石手術，膽囊結石如有症狀需手術治療。
腎臟結石根據病因採取不同策略，如尿酸結石、腎小管酸中毒結石，通過大量飲水，糾正酸中毒，口服抗尿酸藥物，如枸櫞酸氫鉀鈉顆粒溶石保守治療。如果結石超過1.0cm，位於腎盂輸尿管交界處，引起腎絞痛症狀，需行體外震波、輸尿管軟鏡、經皮腎鏡碎石手術治療。結石滑入輸尿管但小於0.6cm，表面光滑，通過大量飲水、蹦跳，予以解痙抗感染止痛保守治療。如無效或結石在0.6-0.8cm，需體外震波治療。結石超過1.0cm或體外震波無效，需行輸尿管鏡手術。
如輸尿管結石長時間位於某部位，輸尿管壁增厚，說明結石被輸尿管粘連、包裹，不適合行體外震波，應行輸尿管鏡治療。如輸尿管結石梗阻伴感染，在積極抗感染同時逆行插管，待感染好轉後二期治療。膀胱結石需行尿道膀胱鏡下碎石取石術，老年男性如合併前列腺增生症，同時行TURP術。