引起小腸瘻的原因有很多，主要原因大致可分四種，分別為手術因素、外傷因素、疾病因素和先天性因素。其中胃腸道手術是小腸瘻最常見的原因，絕大多數的腸瘻發生在手術後，且多發生在一些常見手術後。
1、手術因素 ：絕大多數的腸瘻發生在手術後，且多發生在一些常見手術後，胃腸道吻合術是導致吻合口瘻最常見的原因。一方面是由於病人全身營養狀況欠佳，癒合能力下降，另一方面是由於手術技術操作上的欠缺所致。主要表現為吻合過密或過稀、對合不均等。此外，吻合口血供不良、吻合部腸壁充血水腫或有癌細胞浸潤，以及術後吻合口遠端腸道有梗阻等也容易導致小腸瘻的發生。
2、外傷因素 ：無論腹部外傷是鈍性傷還是銳性傷，都有可能損傷小腸而致小腸瘻。尤其是部分位於腹膜後的十二指腸，因其活動度小，較為固定，故易受擠壓導致損傷形成小腸瘻。腹部放療也存在損傷腸壁而致腸瘻的可能性。
3、疾病因素：闌尾炎穿孔形成闌尾周圍膿腫，當膿腫引流後常可形成闌尾殘端瘻。克羅恩病、腸結核等炎性腸病，以及腸道腫瘤，均可致腸破裂從而發生小腸瘻。腹腔膿腫等炎性疾病亦可造成不同腸段間的內瘻，急性出血性壞死性胰腺炎併發膿腫後，也可使腸道潰破形成小腸瘻。
4、先天性異常：胚胎髮育過程中，如果卵黃管未閉，則可造成先天性小腸瘻。