根據瘻口和瘻道的位置、深淺、高低以及數目，其分類如下：
1、外瘻和內瘻：外瘻至少有內、外二個瘻口，一個在肛門周圍皮膚上，多數距肛門2~3釐米，稱為外口，另一個在腸腔內，多數在齒線處肛竇內，稱為內口，少數內口在中齒線上方，直腸壁上。內瘻的內口與外瘻相同，並無傷口，臨床所見90%為外瘻。
2、低位瘻和高位瘻：瘻道位於肛管直腸環平面以下者為低位瘻，在此平面以上為高位瘻。後者對治療方法的選擇有關。
3、單純性肛瘻和複雜性肛瘻：前者只有一個瘻管，後者可有多個瘻口和瘻管。
從臨床治療角度以肛瘻和括約肌的關係較重要，可分為：
4、括約肌間型：最常見一種，內口位於齒線，瘻管在內外括約肌間行走，外口在肛門周圍皮膚，約佔70%。
5、經括約肌型：瘻管經外括約肌及坐骨肛管間隙而在肛周圍皮膚上穿出，約佔25%。
6、括約肌上型：不常見，瘻管同上穿破肛提肌而在肛門周圍遠處皮膚上穿出，約佔5%。
7、括約肌外型：少見，內口在齒線上直腸壁，外口在肛周遠處皮膚上，瘻管在內外括約肌外，經肛提肌而下，約佔1%。