肛門直腸瘻主要表現為瘻管口流膿、流液、肛周疼痛、排便不暢、瘙癢等症狀，也可導致全身症狀。
1、流膿：瘻外口流出少量膿性、血性、黏液性分泌物為主要症狀。多為膿液，膿液多少與瘻管長短、多少有關，新生瘻管流膿較多，分泌物刺激皮膚而瘙癢不適，當外口阻塞或假性癒合，瘻管內膿液積存，局部腫脹、疼痛，甚至發熱，以後封閉的瘻口破潰，症狀方始消失。由於引流不暢，膿腫反覆發作，也可潰破出現多個外口。較大較高位的肛管直腸瘻，常有糞便或氣體從外口排出。較大的高位肛管直腸瘻，因瘻管位於括約肌外，不受括約肌控制，常有糞便及氣體排出。由於分泌物的刺激，使肛門部潮溼、瘙癢，有時形成溼疹。當外口癒合，瘻管中有膿腫形成時，可感到明顯疼痛，同時可伴有發熱、寒顫、乏力等全身感染症狀，膿腫穿破或切開引流後，症狀緩解。上述症狀的反覆發作是瘻管的臨床特點。
2、疼痛：瘻管通暢無炎症時常不感疼痛，只感覺局部發脹和不適。當瘻管感染或膿液排出不暢而腫脹發炎時，可引起疼痛，行走時疼痛加重。內瘻時常感到直腸下部和肛門部灼熱不適，排糞時感到疼痛。
3、瘙癢：由於膿液不斷刺激肛周皮膚，常感覺瘙癢、肛周潮溼不適、皮膚變色、表皮脫落、纖維組織增生和增厚，有時形成溼疹。
4、排便不暢：複雜性肛管直腸瘻口久不愈，可引起肛門直腸周圍形成大的纖維化瘢痕或環狀的條索，影響肛門的舒張和閉合，大便時感到困難，有便意不盡的感覺。