新生兒腸梗阻的症狀表現有嘔吐、腹脹，沒有排便也不排氣，劇烈的哭鬧、煩躁不安。因為寶寶不會說腹痛，但是如果成人用手摸腹部，會出現劇烈哭鬧。
根據梗阻的部位不同可能表現還有些區別，如果是上消化道梗阻，嘔吐就比較頻繁，嘔吐物常常為進入的乳汁，呈噴射狀，腹脹不太明顯。如果是下消化道梗阻，腹脹就特別明顯，嘔吐又不明顯，並且嘔吐物不擔有乳汁，是糞便樣的內容物。如果梗阻時間過長，會造成電解質紊亂，患兒表現皮膚乾燥、尿少、精神差，還出現酸中毒，甚至個別會造成腸管壞死，引起腹膜炎甚至休克。