小兒腸繫膜淋巴結炎的治療，要根據孩子腸繫膜淋巴結炎的輕重來選擇方案。另外，腸繫膜淋巴結一定要排除闌尾炎等急腹症後，才可以採取保守治療。一般輕症的治療都是抗炎對症，要尋找病因治療，根據什麼原因引起的進行病因治療。可以口服點消炎的藥，吃點益生菌，還有抗病毒、抗細菌的治療。
如果腸繫膜淋巴結很重，可能要通過實驗室檢查，然後再進行輸液。如果有電解質的紊亂，就要補充、糾正電解質紊亂。如果缺鈉或者缺鉀，就要及時進行補充。如果有發燒，就給降溫對症處理。如果肚子痛的很厲害，可以給予解痙治療。