米索前列醇用於治療胃十二指腸潰瘍，這種藥物在服用兩週後有作用，四周後癒合幾率比較高，能夠抑制胃酸分泌，保護胃黏膜，但是治癒胃潰瘍不如西米替丁效果好。目前最主要用於早孕49天之內流產的治療，哺乳期婦女不能用，對於前列腺素類藥物過敏患者不能用。服用這種藥物期間，不能和阿司匹林或者非甾體抗炎藥混合使用。