膕窩囊腫的症狀有輕有重，輕者可以沒有任何自覺症狀，只是可以摸到膝關節後面的膕窩裡面有一個囊性腫塊，可能會伴有輕微的壓痛；腫塊一般表面光滑，固定不活動的，質地比較柔軟，有時候用手按壓可以壓扁。如果囊性腫塊比較大，可以出現膕窩部的不舒服或行走後覺得脹痛的感覺。如果囊腫是由於關節滑囊炎症導致的，則可能出現炎症常見的症狀，例如表面皮膚髮紅，腫脹，皮溫較正常為高，有明顯的觸痛。有時候囊腫太大，可妨礙膝關節的伸屈活動，導致膝關節伸直或屈曲時受到影響。