先天性膈疝手術愈後一般良好，很少會有後遺症。如果病情嚴重的話，愈後欠佳。先天性隔疝手術後會存在相應的併發症，比如患兒會出現疼痛、肌肉緊張，嚴重者會伴有呼吸困難。為了確保患兒先天性膈疝手術的成功性，建議給患兒選擇專業的兒童醫院進行膈疝手術，確保手術的順利進行，減少術後的併發症及後遺症。先天性膈疝手術後，儘量避免患兒哭鬧，以免影響患兒預後。