膽結石手術後有什麼後遺症取決於手術方式，如果是行膽囊切除手術，大部分的患者沒有明顯後遺症，少部分的患者因為膽囊切除後，會出現消化功能不良，在進食高脂肪、高膽固醇的食物後，會引起腹脹、腹瀉等不適症狀。
此時需要進行飲食的調整、生活習慣改善，必要的時候也需要口服藥物治療，症狀可逐步的緩解。如果是行保膽取結石手術，膽囊保留，這類的患者會出現右上腹悶痛、脹痛、絞痛等膽囊炎再發的症狀，此外保留的膽囊也有一定的概率會再發結石，從而有可能還需要再進行膽囊切除手術，以便根治結石。