膽管癌晚期的症狀主要是表現為腹痛和進行性加重的黃疸。腹痛可以向右肩背部進行放射，夜間尤為明顯。進行性加重的黃疸，可以引起明顯的瘙癢，小便呈濃茶色，大便呈陶土樣。患者多伴有嚴重的貧血，消瘦，乏力，全身浮腫，甚至惡病質。晚期的患者容易併發膽管炎，出現高熱寒戰，體溫可達39-40度。如果膽管癌發生遠處轉移，還會出現相應的臨床症狀。比如說如果出現肺部的轉移，可以出現憋喘和呼吸困難，如果出現了腦內轉移，還會出現頭痛，意識障礙，昏迷等