目前認為，膽管癌的形成是多因素共同作用形成的。常見的原因主要還是由於肝膽管結石引起的，反覆發作的膽管炎，刺激膽管壁增生，有可能最後惡變造成膽管癌。另外其他的一些疾病也可以造成，比如說原發性硬化性膽管炎，先天性膽管囊性擴張症，膽管囊腫空腸吻合術這些均是由於反覆的膽管炎所造成的，另外肝血吸蟲病，慢性傷寒帶菌者，潰瘍性結腸炎，乙型病毒性肝炎，丙型病毒性肝炎所造成的感染也可以造成膽管癌的形成