肝囊腫沒有特效的治療藥物。大部分肝囊腫是先天形成的，可能是胚胎時期膽管阻塞，導致膽管局部出現擴張形成的。有一部分肝囊腫是後天形成的，原因可能是膽管的炎症導致膽管阻塞或局部破壞，使膽汁在局部淤積擴張形成肝囊腫。通過藥物不能改善或者是減輕肝囊腫的大小。大部分肝囊腫都比較小，不需要給予治療，只有較大的肝囊腫才需要進行手術。