由於肝內膽管結石大多數是含有細菌的棕色膽色素結石，因此熊去氧膽酸對於肝內膽管結石效果欠佳，不推薦口服使用。對於沒有症狀、直徑較小的肝內膽管結石，是無需口服藥物治療，如果合併輕度膽管炎，也可以考慮口服消炎利膽片、舒膽片、膽寧片、熊膽膠囊等。而對於出現明顯高熱、寒戰、腹痛、黃疸的急性膽管炎，這是口服藥物是無法控制症狀的，還需要通過靜脈輸液治療控制感染，另外，最重要的是根據肝內膽管結石的直徑、部位、是否出現膽管狹窄以及侷限性肝萎縮，選擇單純取石或者局部肝切除等手術治療，以達到根治的目的。