首先應當明確肝內鈣化灶的原因，如果是孤立性的肝內鈣化灶，沒有臨床症狀可以定期彩超，隨訪觀察，也沒有特別的處理。另外肝內鈣化灶，還應當和肝內的膽管結石相鑑別，對於靜止性的結石，可以暫時觀察，如果出現了膽管的狹窄，反覆膽管炎和肝臟的萎縮，還需要通過手術的方式或者經皮膽管鏡取石來進行治療，而對於肝臟腫瘤出現了鈣化灶，還應當明確良惡性，良性的腫瘤如果較小，比如說肝血管瘤可以定期隨訪觀察。如果直徑超過5cm，並位於肝臟的表面，可以通過手術或者介入的方法治療，而對於肝臟的惡性腫瘤，最常見的是肝內的轉移癌，還需要根據轉移的數目和部位，以及原發灶的部位來決定處理的方式，如化療和一期同時切除原發灶和轉移灶。