肝膿腫穿刺引流之後具體的拔管時間要根據膿液的引流量，以及膿腔的大小來決定。如果在肝膿腫穿刺後膿液引流乾淨，膿腔有明顯的縮小，即可以進行拔管。
如果肝膿腫本身較大，每日管子的引流量仍然有較多膿液，而且膿腔沒有明顯的縮小，需要帶管一段時間，待膿液流乾淨以及膿腔逐步的縮小、固化，才可以考慮拔管。如果膿腔過大也可以考慮在管子內注射無水酒精，用於縮短病程，能夠將膿腔內的液化組織進行固化、消毒，有利於促進膿腔的癒合。