消化性潰瘍最常見的併發症是消化道出血、穿孔及併發梗阻，其中胃潰瘍還容易併發癌變。對於一些較深凹的潰瘍、面積較大的潰瘍、侵犯血管的潰瘍，容易併發消化道出血。患者除原有的上腹痛症狀之外，會出現嘔血黑便。較大較深凹的潰瘍同時易併發穿孔，出現腹痛症狀突然劇烈加重，伴有板狀腹。對於在胃竇部及十二指腸的潰瘍還可以併發梗阻，比如幽門梗阻、十二指腸的梗阻。胃潰瘍具有一定的惡變幾率，特別是長期不愈或者反覆發作者，需要常規送檢病理化驗。