對於消化性潰瘍的發病機制到現今為止已經形成了許多不同的學說，並沒有得到一個一致的認識。主要可以歸納為以下幾個方面。最常見的就是感染學說，也就是常說的幽門螺桿菌感染，是由於細菌的毒力造成的對於胃黏膜的損傷從而形成潰瘍。再有就是損傷的學說。這種損傷可以是炎症的損傷，也可以是化學損傷，或者是食物造成的機械性損傷以及藥物損傷。這些損傷造成了胃粘膜保護功能的下降，因此形成潰瘍。還有就是由於胃腸血管有病變的時候，導致胃粘膜缺血，從而出現潰瘍。