潰瘍性結腸炎一般呈慢性病程，為終生複發性疾病，對於輕型以及長期緩解期的患者，預後都比較好。如果能注意飲食並且規律的用藥，疾病有可能不會復發。對於重症患者並且急性起病，有併發症，比如大量的出血，甚至穿孔的患者，或者年齡>60歲的患者，往往預後不是非常好。
慢性持續的活動和反覆發作頻繁者，預後也比較差。這類患者需要密切監測，如果病程、病史非常漫長並且反覆發作的患者，尤其是全結腸的患者。如果是10年以上的病史，癌變率也會明顯增加。對於這類患者，應該及時複查結腸鏡，積極觀測其疾病的變化。