結核性腹膜炎的預後取決於患者體質，是否及時治療，是否堅持治療，結核桿菌的耐藥性等多種因素，一般治療需要6-12個月，如合併有腸梗阻，腸穿孔以及化膿性腹膜炎等多重併發症可以預後時間更長。同時如有其他部位的結核感染如肺結核，腸結核女性輸卵管結核等部位的感染治療週期也是需要延長的。尤其是特殊部位結核如女性輸卵管或卵巢結核週期可以達到1-3年才可以根除該菌。