生殖細胞瘤根據腫瘤出現的位置不同，患者出現的症狀不盡相同。生殖細胞瘤發於骶尾部或盆腔可出現大小便習性改變；發生於顱內可出現尿崩症、生長發育延遲等；發於腹膜或卵巢可出現腹痛，有時也可捫及腫塊；發於縱隔可出現上腔靜脈壓迫綜合徵、呼吸困難諸症。
1、顱內生殖細胞瘤：
（1）松果體區腫瘤壓迫中腦頂蓋，出現Parinaud綜合徵，即眼球上視不能，但不伴眼會聚功能障礙；導水管受壓引起梗阻性腦積水、顱內壓增高、錐體束徵陽性和共濟失調。青春期性早熟也較常見。
（2）腫瘤位於基底節丘腦，病人可出現偏癱、偏身感覺障礙等症狀。
（3）腫瘤壓迫中腦頂蓋可引起眼球上視不能，腫瘤位於鞍上出現視力視野障礙、尿崩和垂體腺功能減退，導水管受壓或阻塞側腦室Monro孔可引起梗阻性腦積水、顱內壓增高和共濟失調。
（4）腫瘤位於基底節區，病人出現偏癱、偏身感覺障礙等症狀。
2、骶尾部或盆腔生殖細胞瘤：主要為腫瘤壓迫症狀，壓迫尿路或直腸時，患者大小便習慣及性狀發生改變，壓迫正常骨骼可致骶尾部骨骼發育異常和畸形。
3、腹膜及卵巢部位生殖細胞瘤：早期無明顯症狀，後期患者腹圍增大，並可觸及腫塊，伴有腹痛表現，引起卵巢蒂扭轉時可發生急性腹痛。
4、縱隔生殖細胞瘤：縱隔區生殖細胞瘤可對縱膈部位的重要氣管和血管發生壓迫，症狀較重，常引起上腔靜脈壓迫和氣管壓迫，出現血液迴流障礙和呼吸困難等表現。