如果按醫生指導的劑量服用甲鈷胺，是極少出現副作用的。甲鈷胺最常見的副作用就是胃腸道反應，包括但不限於飲食不振、噁心、嘔吐、腹瀉、消化不良等，也有一些患者服用甲鈷胺之後出現過敏反應，皮膚出現皮疹，但抗過敏治療後很快好轉，並沒有嚴重過敏反應的報道。如果超大劑量、或者沒有醫師指導長時間服用甲鈷胺的話，可能會出現神經失常。