間質性腦水腫主要是因為腦脊液的迴流障礙所引起的。比如顱內的腫瘤或者蛛網膜下腔出血、三腦室和四腦室的出血、囊腫等都會影響到腦脊液的正常回流通路，導致腦脊液無法迴流吸收，從而在腦室內出現聚積。過多的腦脊液聚積會引起腦室內的壓力增高，從而導致腦室周圍的室管膜通透性增加，致使腦脊液溢入周圍的腦間質，從而形成腦室周圍的水腫，這種水腫就稱為間質性腦水腫。