腦膿腫進行穿刺，首先有引起穿刺道出血的風險，因為穿刺大多是進行盲穿，看不到血管的位置。另外穿刺有可能導致膿腫腔內的膿液外流，從而引起化膿性腦炎和腦膜炎的風險。另外穿刺過程中損傷腦組織，也有誘發癲癇的風險，可以引起肢體抽搐。不過雖然有這些風險，但穿刺治療仍然是有效的治療方法之一，因為上述風險並不是100%的會出現，相對來說出現的幾率還是比較小的。