用抗生素治療腦膿腫的效果無法進行保證，應用抗生素確實是治療腦膿腫的重要方法之一，但並不是所有的腦膿腫都能夠通過應用抗生素根治，抗生素能夠透過血腦屏障到達膿腫位置的量非常少，所以腦膿腫的治療是非常困難的。腦膿腫需要進行綜合的處理，在應用抗生素的同時，需要進行膿腫的引流、腦室引流等，特別嚴重的還需要進行手術治療。並且即使是經過積極的治療，仍然會有一部分留下嚴重的後遺症。