單純性腎囊腫發展緩慢，對腎功能常無明顯影響，治療趨於保守。對於囊腫直徑<4cm，可定期隨診，觀察其大小、形態及內部質地的變化，一般選用超聲檢查。當囊腫直徑>4cm的可予超聲引導下穿刺引流囊液，也可用95%的乙醇或者四環素等進行處理，B超引導下的經皮穿刺抽吸囊液，治療有短暫的療效，複發率可以高達30%-78%，但對於高齡患者可以作為治療選擇。巨大的腎囊腫是指直徑超過8cm，囊液超過500mL，可能需要手術治療，一般手術方式選用腹腔鏡下囊腫切除。如果病理證實囊壁存在癌變，或者同時半完善則應當進行手術的切除。單純性腎囊腫的治療需要綜合考慮囊腫對腎臟及全身的影響，並視囊腫的發展、變化而定，大多數囊腫預後較好。