單純性腎囊腫如果沒有併發症，一般不需要治療，而對於多囊腎的治療則較困難，目前尚缺乏特異性的干預措施和治療藥物。治療主要在於治療併發症，緩解症狀和保護腎功能。患者要戒菸、忌濃茶、咖啡、酒精及巧克力等，合併高血壓時要限鹽。當囊腫較大時應避免劇烈的體力活動和腹部受創，以免囊腫破裂出血。如果出現併發症則需對症治療，如患者出現囊腫出血、感染或結石引起的疼痛。急性疼痛可用麻醉性鎮痛劑，慢性疼痛一般採用保守治療，如改變生活習慣，避免劇烈活動。對於囊腫出血和血尿，大多為自限性，一般臥床休息、止痛，適當飲水以後，可以得到緩解。但如果出血嚴重，破入腹膜後引起大出血，則需住院治療，給予輸血，止血藥物一般效果作用不大，甚至會引起血塊形成梗阻而誘發感染。如果保守治療無效的患者，經CT檢查或血管造影后可以行選擇性腎動脈栓塞術。