腸結核與克羅恩病的鑑別，主要從以下幾個方面進行，第一是臨床表現上克羅恩病常有腸外表現，比如說口腔潰瘍，關節的紅腫熱痛等腸結核很少有這種腸外表現，第二個是從病史上，腸結核患者常常有其他部位的結核病史，比如說肺結核，第三個是實驗室檢查，腸結核患者結核菌素試驗常呈陽性，第四個就是腸鏡檢查克羅恩呈現節段性分佈，見縱行潰瘍，潰瘍，周圍粘膜正常或者是成鵝卵石樣，腸腔狹窄，炎性息肉。第五病理上，克羅恩病病理活檢提示，非乾酪樣壞死性肉芽腫，而腸結核病理提示，干擾壞死性肉芽腫。