由於女性泌尿系統感染主要由於致病微生物所引起，因此泌尿系感染需要吃的藥物，主要選擇病原體敏感的抗菌藥物，常見的藥物有頭孢菌素類、喹諾酮類，以及磷黴素類等藥物，如阿莫西林、頭孢克肟、左氧氟沙星。
治療期間需要大量的飲水、多注意休息、加強營養，不要喝酒和吃辛辣、刺激的食物，如果泌尿系統感染的患者尿頻、尿急、尿痛的症狀比較嚴重，可以在應用抗菌藥物的同時聯合對症治療的藥物。另外，如果是女性反覆發作的泌尿系統感染，需要檢查是不是有誘發尿路感染的病變，比如泌尿系統的結石、泌尿系統的梗阻，或者是畸形等原因。