包皮龜頭炎分為感染性包皮龜頭炎和非感染性包皮龜頭炎，對於真菌和細菌的鑑別診斷主要依靠細菌培養。細菌性包皮龜頭炎細菌培養的結果顯示革蘭氏陽性菌生長佔82%，主要為金色葡萄球菌。革蘭氏陰性菌生長佔17.9%，主要為大腸埃希菌。
對於真菌性的包皮龜頭炎，診斷標準包括龜頭包皮散在丘疹和冠狀溝處有白色奶酪樣斑片，實驗室檢查有大量假菌絲或者大量芽生孢子。對病原微生物的培養髮現白色念珠菌感染所佔的比例為58.6%，非白色念珠菌感染所佔比例為41.4%。